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スカイプの上にあるメニューから、「ツール」>「設定」>「通知」>「通知設定」の設定についての解説です。
・Windowsトレイに通知を表示 それぞれの項目を説明するまでもなくそのままのことで、トレイというのはパソコンの右下に小さく表示されるボックスのことです。「例を表示」で確認してみてください。それが邪魔でしたらチェックを外しておきましょう。