ブラウザに表示されているスカイプ名をクリックすると自動的に電話をかけることができます。ただし、<a href=Callto://スカイプ名>スカイプ名</a>でできたスカイプ名だけです。HTMLというホームページを作成する言語のコードなのですが、ほとんど見かけないので設定はなくても良いと思われます。
スカイプを閉じたときにタスクバーに表示するかどうかの設定です。
Windows7であれば下のタスクバーに表示されているスカイプのバーが、
下の画像のように切り替わるだけです。
通話中にSkypeの透かしを表示するかどうかの設定です。